바이오나노학과는 3개의 전공 인 바이오전공 (생명공학), 나노전공 (나노공학), 바이오나노융합전공 (바이오나노공학)로 구성되어 있다. 세부전공의 폐지 및 신설은 대학원 바이오나노학과 운영위원회에서 결정한다.
한양대학교 대학원 바이오나노학과 내에 석사과정, 박사과정 및 석사․박사학위통합과정에서의 전공분야는 전공분류를 따로 하지 않고 필요시 지도교수가 정한 전공분류를 따른다.
본 학과의 입학은 특별전형을 원칙으로 한다. 세부기준은 바이오나노학과의 대학원위원회에서 정한다.
대학원 학칙 제30조에 준하여 석박사 과정에 입학한 학생 가운데 전공변경이나 기타 이유로 인하여 학습 및 연구 수행 능력이 부족하다고 인정되는 학생은 선수과목을 학부과목에서 6학점 이내에서 취득하여야 하며, 취득하여야 할 선수과목과 학점은 학과주임교수와 지도교수가 결정한다. 또한, 선수과목은 학위과정에서 취득한 학점으로 인정하지 아니한다.
본 내규는 2020년 2학기부터 시행하며, 바이오나노학과의 재학생 및 수료생에게 적용한다.